Lựa chọn môi chất lạnh hợp lý là một trong những vấn đề rất quan trọng khi thiết kế các hệ thống lạnh.
- Môi chất amôniắc NH3 là môi chất lạnh không gây phá huỷ tầng ôzôn và hiệu ứng nhà kính, có thể nói NH3 là môi chất lạnh của hiện tại và tương lai. Hiện nay hầu hết các hệ thống lạnh trong các nhà máy chế biến thuỷ sản (trừ kho lạnh bảo quản), trong các nhà máy bia đều được thiết kế sử dụng môi chất NH3. Đặc điểm của NH3 là rất thích hợp đối với hệ thống lớn và rất lớn, do năng suất lạnh riêng thể tích lớn. Các hệ thống lạnh máy đá cây, máy đá vảy, kho cấp đông, tủ đông gió siêu tốc các loại và dây chuyền I.Q.F, hệ thống làm lạnh glycol trong nhà máy bia đều rất thích hợp khi sử dụng NH3. Nhược điểm của NH3 là làm hỏng thực phẩm và ăn mòn kim loại màu nên không phù hợp khi sử dụng cho các hệ thống nhỏ.
Tuyệt đối không nên sử dụng NH3 cho các kho lạnh bảo quản, vì đặc điểm của NH3 là độc và làm hỏng thực phẩm, nếu xảy ra rò rỉ môi chất bên trong các kho lạnh thì rất khó phát hiện, khi phát hiện thì đã quá trễ. Khác với các thiết bị cấp đông, máy đá hoạt động theo mẻ, hàng hoá chỉ đưa vào làm lạnh trong một thời gian ngắn, mỗi lần làm lạnh số lượng hàng không lớn lắm, các kho lạnh hoạt động lâu dài, hàng hoá được bảo quản hàng tháng, có khi cả năm trời, trong quá trình đó xác suất rò rỉ rất lớn, nghĩa là rủi ro rất cao.Mặt khác kho lạnh là nơi tập trung một khối lượng hàng rất lớn, hàng trăm thậm chí nghìn tấn sản phẩm. Giá trị hàng hoá trong các kho lạnh cực kỳ lớn, nếu xảy ra rò rỉ môi chất NH3 vào bên trong các kho lạnh, hàng hoá bị hỏng các xí nghiệp có thể sẽ bị phá sản. Việc thiết kế kế các kho lạnh sử dụng NH3 là chứa đựng nhiều nguy cơ và rủi ro cho doanh nghiệp.
- Đối với hệ thống nhỏ , trung bình nên sử dụng môi chất lạnh frêon
+ Môi chất R134a là môi chất thay thế thích hợp nhất cho R12, nó được sử dụng cho các hệ thống lạnh công suất rất nhỏ như tủ lạnh gia đình, máy điều hoà công suất nhỏ, máy điều hoà xe hơi vv.. vì năng suất lạnh riêng thể tích nhỏ.
+ Môi chất lạnh R22 được sử dụng chủ yếu cho các hệ thống lạnh nhỏ và trung bình, ví dụ trong các máy điều hoà công suất trung bình và lớn (từ 24.000 Btu/h trở lên) , môi chất R22 cũng rất thích hợp các kho lạnh bảo quản, kho lạnh thương mại, kho chờ đông và các hệ thống lạnh công suất lớn khác như tủ đông, máy đá đơn lẻ. Hiện nay và trong tương lai gần người ta sử dụng R404A hoặc R407C thay cho R22. Trước mắt nước ta còn có thể sử dụng R22 đến năm 2040.
Ưu điểm nổi trội khi sử dụng là không làm hỏng thực phẩm, không độc nên được sử dụng cho các kho lạnh bảo quản, không ăn mòn kim loại màu như đồng nên thiết bị gọn nhẹ và rất phù hợp các hệ thống lạnh trong dân dụng như điều hoà không khí, các tủ lạnh thương nghiệp.